В МБОУ «СШ № 16» существует определенная структура школьного самоуправления. Для детей младшего школьного возраста (1-4 класс) создано детское объединение «Евпаторята». Каждый год в него принимаются новые члены школьной семьи – первоклассники, им повязывают яркие солнечные галстуки, рассказывают о традициях школы. И в течение года каждый класс активно участвует в общешкольных и городских мероприятия, соревнуется в своем объединении, стремясь, стать активнее и лучше всех. Для учащихся среднего школьного возраста – 5-7 классы создано объединение «Подсолнух», в нем также проводятся соревнования и мероприятия, в него также торжественно принимают каждый год пятиклассников.

Для учащихся 8-11 классов создан школьный парламент, в него входят самые активные и лучшие учащиеся школы, среди них и выбирается Президент школьного парламента.

В 2017-18 учебном году Президентом школы является Хачикян Маргарита. Школьный парламент ежемесячно собирает свой актив, чтобы наметить очередные планы и работу, активно вносит свои предложения по улучшению школьной жизни, проводит различного рода мероприятия.